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......@@ -5,11 +5,18 @@ cobrapyhuman.py : script qui va faire FBA et données les flux dans le cerveau s
cobrapy.ipynb (même script sur jupyter notebook) plus pratique pour lancer bloc par bloc et faire des test et analyses
test.py : sert à faire l'intégration FC/réaction avec les portes "and" et "or, on récupère FC de ce script (qu'on importe au début de cobrapyhuman.py >import FC from tes)
integ_both.py : sert à faire l'intégration FC/réaction avec les portes "and" et "or, on récupère FC de ce script (qu'on importe au début de cobrapyhuman.py >import FC from tes)
qui est un dictionnaires qui pour chaque réaction controlé par des gènes va retourner le FC associé calculer ("and" : moyenne, "or" : max);
prends en compte les gènes qui sont présent ou non dans le jeu de données d'expression
both.py : sert à réaliser la même integration que dans probregnet et gavai
lsei.py : sert à faire les matrices pour la lsei et reproduit la lsei via deux fonction (get_matrix et lsei)
Télécharger tous car ces scripts nécessites cetaines données (reac.txt, external.txt, RECON1.xml, brain_dats.csv)
......
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