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<xsl:output method="html"/>
<xsl:template match="/"><html><body>
<xsl:apply-templates select="Result"/>
</body></html></xsl:template>
<xsl:template match="Result">
<table><caption><xsl:value-of select="Term"/></caption>
<tr><th>Database</th><th>Count</th><th>Status</th></tr>
<xsl:apply-templates select="eGQueryResult/ResultItem"/>
</table>
</xsl:template>
<xsl:template match="ResultItem">
<tr>
<td><a>
<xsl:attribute name="href">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/<xsl:value-of select="DbName"/>?cmd=search&amp;term=<xsl:value-of select="translate(/Result/Term,' ','+')"/></xsl:attribute>
<xsl:value-of select="DbName"/></a></td>
<td><xsl:value-of select="Count"/></td>
<td><xsl:value-of select="Status"/></td>
</tr>
</xsl:template>
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<xsl:output method="text"/>
<xsl:param name="WebEnv"></xsl:param>
<xsl:template match="/">
<xsl:apply-templates select="TaxaSet"/>
</xsl:template>
<xsl:template match="TaxaSet">
<xsl:text>curl -d @- "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/epost.fcgi" &lt;&lt;EOF
db=taxonomy&amp;WebEnv=</xsl:text>
<xsl:value-of select="$WebEnv"/>
<xsl:text>&amp;id=</xsl:text>
<xsl:apply-templates select="Taxon"/>
<xsl:text>
EOF
</xsl:text>
</xsl:template>
<xsl:template match="Taxon">
<xsl:apply-templates select="TaxId"/>
<xsl:text>,</xsl:text>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
<?xml version='1.0' encoding="UTF-8" ?>
<xsl:stylesheet xmlns:xsl='http://www.w3.org/1999/XSL/Transform' version='1.0'>
<xsl:output method="text"/>
<xsl:template match="/">
date2count &lt;- list()
<xsl:apply-templates select="/PubmedArticleSet/PubmedArticle[MedlineCitation/DateCreated/Year]"/>
df &lt;- data.frame(
Year=as.integer(names(date2count)),
Count=unlist(date2count)
)
png('jeterpubmed.png')
plot(df)
title('pubmed: count(articles)=f(year)')
dev.off()
</xsl:template>
<xsl:template match="PubmedArticle">
<xsl:variable name="year" select="MedlineCitation/DateCreated/Year"/>
date2count[["<xsl:value-of select="$year"/>"]] &lt;- ifelse(is.null(date2count[["<xsl:value-of select="$year"/>"]]),1,1+date2count[["<xsl:value-of select="$year"/>"]])
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
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