... | ... | @@ -48,34 +48,34 @@ genosysmics run genomes **snakemake.args (--profile config/sge/) # for execution |
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```
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genomes_collection/
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├── all_genomes.0.95.fa.gz
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├── all_genomes.0.99.fa.gz
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├── annotation
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│ ├── functions
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│ │ └── <genomes>/
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│ └── taxonomy/
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│ ├── align/
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│ ├── classify/
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│ └── identify/
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├── data
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│ ├── checkM/
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│ └── drep/
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├── dereplicated_at_0.95
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│ └── <genomes>.fa
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├── dereplicated_at_0.99
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│ └── <genomes>.fa
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├── mapping
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│ ├── bam/
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└── tables
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├── bp_covered.0.95.tsv
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├── bp_covered.0.99.tsv
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├── genomes_abundance.0.95.tsv
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├── genomes_abundance.0.99.tsv
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├── genomes_functions.tsv
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├── genomes_length.tsv
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├── gtdbtk.ar122.bac120.summary.tsv
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├── reads_counts.0.95.tsv
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└── reads_counts.0.99.tsv
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├── all_genomes.0.95.fa.gz
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├── all_genomes.0.99.fa.gz
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├── annotation
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│ ├── functions
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│ │ └── <genomes>/
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│ └── taxonomy/
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│ ├── align/
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│ ├── classify/
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│ └── identify/
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├── data
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│ ├── checkM/
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│ └── drep/
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├── dereplicated_at_0.95
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│ └── <genomes>.fa
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├── dereplicated_at_0.99
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│ └── <genomes>.fa
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├── mapping
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│ ├── bam/
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└── tables
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├── bp_covered.0.95.tsv
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├── bp_covered.0.99.tsv
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├── genomes_abundance.0.95.tsv
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├── genomes_abundance.0.99.tsv
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├── genomes_functions.tsv
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├── genomes_length.tsv
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├── gtdbtk.ar122.bac120.summary.tsv
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├── reads_counts.0.95.tsv
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|
└── reads_counts.0.99.tsv
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```
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## Current workflow ##
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