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Deploying 2 servers GPUs (T4) running above OS-BIRD platform at DSIN/UN Datacenter
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From fastq to Allelic expression with GATK
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This pipeline aims to provide unsupervised data analysis from Singlecell RNAseq data. The alignment is done with Tophat2 followed by htseqcount. After filtering, DeSeq2 and Vst are applied. Finally, the unsupervised analysis is done with WGCNA.
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Exercice pratique de création d'un pipeline snakemake avec l'aide d'un environnement conda, de gestion de code source avec git et de lancement du pipeline sur le gestionnaire de taches SGE.
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Arnaud HAMON / ros_gitlab_ci
BSD with attributionMis à jour -
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